Одним из основных аспектов контроля качества и безопасности пищевых продуктов является их микробиологическая безопасность. Стафилококки (наряду с листериями и сальмонеллами) во всем мире являются одними из наиболее распространенных возбудителей пищевых отравлений, возникающих в случае употребления в пищу молока, молочных, мясных, рыбных продуктов, кондитерских изделий. Нами проведено исследование пищевой продукции на наличие бактерий рода Staphylococcus с 2012 по 2021 гг., с одновременным сравнением стандартных методов исследования и экспресс-анализа на времяпролетном масс-спектрометре Microflexе. Объектами исследования служили продукты животного и растительного происхождения: мясо, мясные продукты, рыба, рыбные продукты, икра, молоко, молочные продукты, яйцо, меланж, жир животный, жир растительный, консервы группы А, пресервы и другие продукты. Всего было исследовано 62256 объектов пищевых продуктов. Установлена вариабельность (с тенденцией к снижению) выделения Staphylococcus spp. из проб пищевых продуктов в течение анализируемого периода (r=-0,473; p>0,05). Самый высокий показатель отмечался в 2012 г (6,0%). Изоляты Staphylococcus spp. обнаружены в пищевых продуктах 12 наименований. С помощью MALDI-TOF MS проведен сравнительный анализ белковых профилей изолятов Staphylococcus aureus. (n=272). При сравнении результатов MALDI-TOF MS идентификации с классическими микробиологическими методами определения таксономической принадлежности бактерий полное совпадение получено при определении рода микроорганизма, правильная видовая идентификация установлена для 99% изолятов. Таким образом, мониторинг пищевых продуктов, как аспект надзора за эпизоотической ситуацией в Иркутской области, показал, что бактериальная обсемененность проб пищевых продуктов S. aureus составила 4,00±0,07%. При этом S. aureus с наибольшей частотой обнаруживались в пробах говядины. Патогены контаминировали пищевые продукты более 10 наименований. MALDI-TOF MS представляет собой эффективный метод диагностики микроорганизмов в ветеринарии, т.к. сочетает скорость (сокращение времени исследования), точность и высокую воспроизводимость анализа.