Инфекционная бурсальная болезнь и инфекционная анемия цыплят являются значимыми и актуальными проблемами современной отрасли птицеводства. Вирус инфекционной бурсальной болезни (ИББ) и вирус инфекционной анемии цыплят (ИАЦ) имеют широкое распространение, вызывают серьёзные поражения лимфоидных органов и тканей, в результате которых развиваются тяжёлые иммунодепрессивные состояния приводящие к повышению восприимчивости птиц к другим инфекциям, падению продуктивных показателей, снижению эффективности профилактических мероприятий и росту экономических затрат. Данные болезни в настоящее время в основном протекают в субклинической форме, по вакцинному фону, в ассоциации, сопровождаются возникновением вторичных инфекций, отсутствием характерных клинических признаков, что затрудняет проведение диагностических исследований. Мы разработали мультиплекс ПЦР-анализ в реальном времени, который позволяет одновременно детектировать оба вируса в одной пробе. Данный ПЦР -анализ основан на праймерах, которые предназначены для выявления высоко консервативных перекрывающихся областей геномов вирусов ИББ и ИАЦ, и TaqMan-зондов в качестве системы детекции. Тесты на аналитическую чувствительность при 10-кратных серийных разведениях, показали, что анализ имеет высокий коэффициент детерминации и эффективности. Анализ обладает специфичностью, отсутствием перекрёстной реактивности и неспецифической амплификации. Коэффициенты детерминации, эффективность реакции, низкая внутри- и межсерийная вариабельность сопоставимы с одиночными анализами на вирусы ИББ и ИАЦ. Мультиплексный формат позволяет существенно сократить время анализа, снизить риски возникновения контаминации, сохранив высокую чувствительность и специфичность реакции. Ожидается, что предложенный формат ПЦР-анализа обеспечит возможность быстро идентифицировать вирусы ИББ и ИАЦ, что значительно повысит эффективность диагностических исследований.