Вирусные заболевания рыб как фактор эпизоотического риска в пресноводной аквакультуре Северо-Западного региона Российской Федерации: особенности патогенеза и угрозы для сиговых и гольцовых видов

Для северо-западных регионов России, где промышленное рыбоводство сосредоточено на холодноводных лососёвых, сиговых (Coregonus spp.) и гольцовых (Salvelinus spp.) видах, четыре вирусных нозологии формируют устойчивый пул постоянного эпизоотического давления: вирусная геморрагическая септицемия (VHSV генотипа II, доминирующего в Балтийском бассейне), инфекционный некроз гемопоэтической ткани (IHN), инфекционный некроз поджелудочной железы (IPN) и болезнь поджелудочной железы лососёвых, вызванная альфавирусом (SAV). Цель работы — анализ степени вирусологической опасности для рыбоводческих хозяйств конкретного региона и таких ключевых аспектов, как молекулярные механизмы, посредством которых вирусы уклоняются от противовирусного иммунитета рыб, эпидемиологические маршруты заноса возбудителей в хозяйства через международный оборот посадочного материала и икры, данные о восприимчивости к вирусам сиговых и гольцовых видов, которые в ряде случаев превышают восприимчивость основного модельного вида — радужной форели (Oncorhynchus mykiss). Проведён анализ полногеномных последовательностей VHSV (NC_000855.1), IHNV (GQ413939.1), IPNV (AJ622822.1) и SAV (AY604235.1) из баз NCBI GenBank и RefSeq. Сформулированы насущные потребности вирусологического мониторинга рыбоводных хозяйств Северо-Запада, опирающегося на молекулярно-генетические методы детекции. Нами был сделан вывод, что основными практическими мерами, способными существенно снизить вирусологический риск для отрасли, являются: внедрение мультиплексного ОТ-ПЦР-скрининга завозимого материала на VHSV, IHNV, IPNV и SAV; организация регулярного мониторинга рыб в хозяйствах на основе этих методов; создание российской базы данных референсных последовательностей, циркулирующих изолятов; разработка специализированных протоколов для сиговых и гольцовых рыб как отдельных объектов мониторинга.

1. Kibenge F.S.B. Emerging viruses in aquaculture // Current Opinion in Virology. — 2019. — Vol. 34. — P. 97–103. DOI: 10.1016/j.coviro.2018.12.008.

2. CABI Compendium. Viral haemorrhagic septicaemia // CABI Digital Library. — 2024. DOI: 10.1079/cabicompendium.66346.

3. Ammayappan A., LaPatra S. E., Vakharia V. N. Molecular characterization of the virulent infectious hematopoietic necrosis virus (IHNV) strain 220-90 // Virology Journal. — 2010. — Vol. 7. — Art. 10. DOI: 10.1186/1743-422X-7-10.

4. Chinchilla B. et al. Transcriptome analysis of rainbow trout in response to non-virion (NV) protein of viral haemorrhagic septicaemia virus (VHSV) // Applied Microbiology and Biotechnology. — 2015. — Vol. 99, No. 4. — P. 1827–1843. DOI: 10.1007/s00253-014-6366-3.

5. Baillon L. et al. The Viral Hemorrhagic Septicemia Virus (VHSV) markers of virulence in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) // Frontiers in Microbiology. — 2020. — Vol. 11. — Art. 574231. DOI: 10.3389/fmicb.2020.574231.

6. Mutoloki S. et al. Evolution of an extended pathogenicity motif in VP2 of infectious pancreatic necrosis virus isolates from farmed rainbow trout in Turkey // Viruses. — 2024. — Vol. 16. — Art. 996. DOI: 10.3390/v16060996.

7. Hillestad B. et al. Identification of a new infectious pancreatic necrosis virus (IPNV) variant in Atlantic salmon (Salmo salar L.) that can cause high mortality even in genetically resistant fish // Frontiers in Genetics. — 2021. — Vol. 12. — Art. 635185. DOI: 10.3389/fgene.2021.635185.

8. McLoughlin M.F., Graham D.A. Salmonid alphavirus and pancreas disease // Aquaculture Pathophysiology. — Academic Press, 2022. — P. 1–18. DOI: 10.1016/B978-0-12-812211-2.00017-2.

9. Nishizawa T. et al. Epidemiological characteristics of infectious hematopoietic necrosis virus (IHNV): a review // Veterinary Research. — 2016. — Vol. 47. — Art. 39. DOI: 10.1186/s13567-016-0341-1.

10. Cieslak M. et al. Phylogeny of the infectious hematopoietic necrosis virus in European aquaculture // PLoS ONE. — 2017. — Vol. 12. — Art. e0184490. DOI: 10.1371/journal.pone.0184490.

11. Stepien C.A. et al. Distribution of an invasive aquatic pathogen (viral hemorrhagic septicemia virus) in the Great Lakes and its relationship to shipping // PLoS ONE. — 2010. — Vol. 5. — Art. e10156. DOI: 10.1371/journal.pone.0010156.

12. Stepien C.A. et al. Gene diversification of an emerging pathogen: a decade of mutation in a novel fish viral hemorrhagic septicemia (VHS) substrain since its first appearance in the Laurentian Great Lakes // PLoS ONE. — 2015. — Vol. 10. — Art. e0135146. DOI: 10.1371/journal.pone.0135146.

13. Macqueen D. J. et al. Genomic epidemiology of salmonid alphavirus in Norwegian aquaculture reveals recent subtype-2 transmission dynamics and novel subtype-3 lineages // PLoS Pathogens. — 2021. — Vol. 17. — Art. e1010092. DOI: 10.1371/journal.ppat.1010092.

14. USDA APHIS. Hazard identification: infectious haematopoietic necrosis virus (IHNV). — USDA, 2022. — URL: https://www.aphis.usda.gov/sites/default/files/hazard-id-ihnv.pdf.

15. Duk K. et al. The Course of Experimental IPNV Infection and its Impact on Alevins Condition in Brook Trout Salvelinus fontinalis (Mitchill, 1815) and Rainbow Brook Trout Hybrid Salvelinus fontinalis♂ × Oncorhynchus mykiss♀ // SSRN Preprint. — 2024. DOI: 10.2139/ssrn.4812059.

16. Ahne W., Thomsen I. Occurrence of VHS virus in wild whitefish (Coregonus sp.) // Zentralblatt für Veterinärmedizin B. — 1985. — Vol. 32. — P. 73–75.

17. WOAH. Chapter 2.3.9. Viral haemorrhagic septicaemia // Manual of Diagnostic Tests for Aquatic Animals. — WOAH, 2023. — URL: https://www.woah.org.

18. Guan C. et al. A novel infectious hematopoietic necrosis virus (IHNV) isolated from white-spotted charr (Salvelinus leucomaenis) is moderately virulent to rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) // Aquaculture. — 2025. — Vol. 609. — Art. 742839. DOI: 10.1016/j.aquaculture.2025.742839.

19. Lewisch E. et al. Arctic charr (Salvelinus alpinus) susceptibility to salmonid alphavirus subtype 2 // Diseases of Aquatic Organisms. — 2018. — Vol. 131. — P. 57–62. DOI: 10.3354/dao03280.

20. Mordecai G.J. et al. Discovery and surveillance of viruses from salmon in British Columbia using viral immune-response biomarkers, metatranscriptomics, and high-throughput RT-PCR // Virus Evolution. — 2021. — Vol. 7. — Art. veaa069. DOI: 10.1093/ve/veaa069.

21. Karniely S. et al. Discovery of an unrecognized nidovirus associated with granulomatous hepatitis in rainbow trout // iScience. — 2023. — Vol. 26. — Art. 106370. DOI: 10.1016/j.isci.2023.106370.

22. Løvoll M. et al. A novel totivirus and piscine reovirus (PRV) in Atlantic salmon (Salmo salar) with cardiomyopathy syndrome (CMS) // Virology Journal. — 2010. — Vol. 7. — Art. 1. DOI: 10.1186/1743-422X-7-1.

23. Skall H.F. et al. Viral haemorrhagic septicaemia virus in marine fish and its implications for fish farming — a review // Journal of Fish Diseases. — 2005. — Vol. 28. — P. 257—274. DOI: 10.1111/j.1365-2761.2005.00641.x.

24. Borzym E. et al. Population genetic analyses unveiled genetic stratification and differential natural selection signatures across the G-gene of viral hemorrhagic septicemia virus // Frontiers in Microbiology. — 2022. — Vol. 13. DOI: 10.3389/fmicb.2022.1023994.